سید مجتبی حسینی (متولد ۱۳۳۳ در مشهد) عضو سابق مجلس خبرگان رهبری و نماینده ولی فقیه در عراق و سوریه است

سیّدمجتبی حسینی در خانواده‌ای سیستانی در شهر مشهد و در خانواده‌ای روحانی متولد شد. پدرش آیت الله سیّدجلیل حسینی از علمای به نام مشهد است که در زمان رژیم شاه پس از نپذیرفتن دعوت رژیم طاغوت در دیدار با شاه، اقامه نماز در مسجد گوهرشاد برای وی ممنوع و پس از آن در حسینیّه تهرانیهای مقیم مشهد به اقامه جماعت پرداخت. حاج آقا سید جلیل پدرآیت الله سید مجتبی از سادات اصیل سیستانی است که در نوجوانی از روستای دادی از توابع شهرستان هامون برای تحصیل علوم حوزوی به مشهد مهاجرت کرده و در محضر مرحوم آیت الله میرزا مهدی اصفهانی به درجه اجتهاد نایل شد. مادرش نیز از سادات و فرزند مرحوم آیت الله آقا نجفی و نوه پسری مرحوم میرزا مهدی شهیدی بود. از بستگان نزدیک پدری وی از جمله پسر عموها و پسر عمه‌های او در زاهدان و منطقه سیستان هم اکنون نیز زندگی می‌کنند و از سادات صاحب نفوذ به حساب می‌آیند که از جمله می‌توان به مرحوم حاج آقا سیدمعین عموی بزرگوار ایشان، فرزندان حاج سید محمد طباطبائی معروف به ده مدصفری و بویژه مرحوم آقاسید عبدالله حسینی امام جماعت قبلی مسجد امام جعفر صادق (ع) زاهدان اشاره نمود. گفته می‌شود صدها مجلد کتاب و منابع مهم مذهبی که از دوران مختلف گذشته در روستای دادی از توابع سیستان در حال نابودی بود توسط آیت الله حاج آقا سید جلیل بازسازی و با هزینه شخصی در دههٔ ۲۰ و ۳۰ به مشهد مقدس منتقل و به کتابخانه رضوی برای حفظ و نگهداری و استفاده هدیه گردیده است.

سید مجتبی حسینی نزد بزرگانی چون آیت الله عباس واعظ طبسی، مرحوم اشکذری، آیت الله ابوالقاسم خزعلی، علامه مرتضی مطهری، آیت الله العظمی سید محمدرضا گلپایگانی، میرزا جواد تبریزی، آیت الله العظمی حسین وحید خراسانی کسب علم کرده است

وی در تاریخ ۱۹ شهریور ۱۳۷۶ همزمان با تدریس در حوزه و دانشگاه، به مدّت هفت سال، نمایندهٔ رهبری در امور اهل سنت استان سیستان و بلوچستان بوده است.او سپس به عنوان نماینده مقام معظم رهبری در سوریه مشغول به خدمت شد که این دوران، همزمان با بحرانهای اخیر سوریه و لبنان بود. وی پس از درگذشت آیت‌الله حاج شیخ محمدمهدی آصفی (ره) به عنوان نماینده رهبر انقلاب در کشور عراق منصوب شد